Ingénieur en Biochimie et Génétique microbienne de l’INSA de Toulouse, Etienne Waleckx approche pour la première fois la recherche sur les maladies tropicales négligées (MTNs) lors de son DEA réalisé à l’IRD Montpellier au sein du laboratoire GEMI en 2004. Celui-ci portait sur la structure génétique du parasite Leishmania braziliensis, responsable de différentes formes cliniques de leishmanioses en Bolivie. Il part ensuite au Mexique réaliser une thèse en biochimie (2004-2007, Univ. Toulouse) sur l’amélioration du procédé d’élaboration de…. la tequila !
Pour mettre en place un procédé de production plus respectueux de l’environnement, il propose et optimise différents traitements enzymatiques permettant de remplacer les produits chimiques dangereux et contaminants utilisés dans la fabrication de la tequila. Le procédé enzymatique est validé et adopté par la fabrique après la production de plusieurs dizaines de milliers de litres de tequila en conditions industrielles.
Puis il renoue avec la recherche sur les MTNs et réalise un premier post-doctorat en Bolivie (2008-2011) au sein de l’équipe INCHA (MIVEGEC) de l’IRD, travaillant sur différents aspects de la maladie de Chagas. L’objectif principal de ses recherches en Bolivie est d’évaluer le risque épidémiologique des populations sauvages de Triatoma infestans (vecteur principal en Amérique du Sud), et de comprendre les mécanismes de ré-infestation des maisons après les interventions de contrôle vectoriel. Il est alors en charge de la coordination et de la réalisation des missions de terrain (captures de triatomes, enquêtes auprès des populations rurales boliviennes), et des études de génétique des populations de triatomes capturées. L’ensemble de ses travaux permet de montrer le risque épidémiologique représenté par les populations sauvages de T. infestans, leur implication dans la ré-infestation observée, et la nécessité de les prendre en compte dans les stratégies de contrôle vectoriel.
Il réalise ensuite un second post-doctorat à l’Université de Loyola à la Nouvelle-Orléans, USA, où le premier cas de transmission vectorielle locale de la maladie de Chagas vient d’être rapporté par l’équipe dans laquelle il travaille pendant 7 mois (2012). Ses principaux travaux, ont alors pour but de mieux comprendre l’écologie de Triatoma sanguisuga, l’espèce de triatome responsable de ce premier cas, et en particulier d’identifier ses habitudes alimentaires. Ces travaux permettent notamment de mettre en évidence le risque émergent de transmission de la maladie de Chagas dans le sud des USA, alors que cette maladie était jusqu’alors considérée presque purement latinoaméricaine. 
Depuis 2012 et jusqu’à son recrutement à l’IRD en décembre 2018, il travaille à l’Université du Yucatán au Mexique, d’abord comme post-doctorant (2012-2014), puis comme Enseignant Chercheur (2014-2018). Il devient responsable du laboratoire de Parasitologie du Centre de Recherches de l’Université en 2016. Pendant ces 6 années, il obtient plusieurs financements lui permettant de développer différents projets concernant l’écologie et le contrôle de Triatoma dimidiata, principal vecteur de T. cruzi dans le Yucatán. Certains de ces projets sont toujours en cours, et ont notamment pour but de comprendre les interactions du vecteur avec ses hôtes sanguins, ainsi qu’avec le parasite et son microbiome intestinal, en s’appuyant sur des approches moléculaires de séquençage massif, des études de comportement, ainsi que de la modélisation mathématique, ce qui permet ensuite de proposer des stratégies de contrôle alternatives à l’aspersion massive d’insecticides. Il mène ainsi sur le terrain, dans des villages mayas, des interventions pilotes de contrôle de la transmission de T. cruzi avec une approche Ecosanté(approche écosystémique appliquée à la santé).