Nos outils et sites web
Date de mise à jour : 29 avril 2019
Atlas des leishmanies
Le site web http://leishmania.ird.fr/ est un atlas qui regroupe des informations cartographiées et référencées sur de nombreuses espèces de leishmanies, leurs vecteurs les phlébotomes, les animaux réservoirs potentiels, ainsi que les outils de diagnostic moléculaire.
Morphométrie géométrique des vecteurs
XYOM (pour X, Y Online Morphometrics) est un logiciel de morphométrie géométrique appliquée aux vecteurs, avec digitalisations 2D et analyses géométriques en ligne.
Référence : Dujardin S., Dujardin J.P. (2019). Geometric morphometrics in the cloud. Infect Genet Evol. 2019 Jun;70:189-196. doi: 10.1016/j.meegid.2019.02.018. Epub 2019 Feb 19.
GIGWA gestion et exploration de données génotypages à haut-débit
GIGWA est un outil web qui permet un accès facile et intuitif à l’exploration d’énormes jeux de données de génotypage à haut-débit. Il permet une exploration aisée, de choisir des filtres sur les variants, y compris des filtres sur les annotations fonctionnelles. Il est interopérable avec de nombreux outils, et possède de multiples formats d’exportation.
WIDDE exploration de la diversité génétique des bovins et autres espèces
WIDDE est une base de données dédiée au stockage et à la gestion des données de génotypage haut-débit. Elle inclut des outils tels des filtres sur les jeux de données, la qualité des génotypes, elle permet des analyses standards en génétique des populations (test de l’équilibre d’Hardy-Weinberg, Analyse en composante principale), et d’exporter en différents formats.
WIDDE permet aussi de charger son propre jeu de données et de faire de l’assignation des individus à une population. WIDDE contient actuellement des données sur les bovins (146 populations) et ovins.
Date de mise à jour : 29 avril 2019